1976-89 war er Kirchenmusiker in Wildeshausen, gleichzeitig Orgelsachverständiger der ev.-luth. Landeskirche in Oldenburg und hatte einen Lehrauftrag für Improvisation und künstlerisches Orgelspiel an der Bremer Musikhochschule.
1983-89 leitete er den »Demantius Chor Oldenburg«, mit dem er 1. Preisträger des Niedersächsischen (1984) und des Deutschen Chorwettbewerbs (1985) war.
Rainer-Michael Munz ist seit 1989 Kirchenmusiker an der St. Nikolai-Kirche zu Kiel und Professor für Orgelimprovisation an der Hochschule für Musik und Theater in Hamburg. 1999 wurde er zum Kirchenmusikdirektor ernannt.